基于生物分子网络分析工具和系统生物学方法研究疾病机理,对于癌症、脑科学研究意义重大,是实现精准医疗必不可少的工具和方法
研究:
1. 面向PB级的高效(宏)基因组组装分析方法,加速基因大数据分析流程;
2. 研发网络/图分析方法和计算模型,挖掘癌症、脑疾病中关键分子或网络,指导药物靶标选择;
3. 研发高效蛋白质模拟和结构预测方法,指导药物设计。
详细情况参见实验室主页:http://hpcc.siat.ac.cn/cbb-lab/
(膜)蛋白质结构预测是世界性难题(膜蛋白构成70%药物的靶点)
基于机器学习和确定型优化混合算法,我们可更准确预测蛋白质结构的约束条件,进而提高蛋白质结构预测精度,并缩短构象搜索时间
并发布在线服务网站http://hppc.siat.ac.cn/COMSAT/
问题:
高效高质量组装TB-PB级别基因数据
通过对IO,通讯的算法优化,第二代组装工具SWAP2在Mira超算上可快速处理4TB基因数据;算法可扩展到128,000核,并行效率40%
开源软件至今被下载使用近500次,60%来自欧美等地区